نگام، سیاسی – احمد خاتمی قدرت های غربی را در حال تلاش برای احیای سازمان مجاهدین خلق دانست و گفت: «دنیای استکبار برنامه جدیدی علیه ملت ایران دارند و آن برنامه این است که جنازه در حال احتضار منافقین آمریکایی را دوباره زنده کنند در حالی که این جنازه هرگز زنده شدنی نیست.»
امام جمعه موقت تهران، پرونده مجاهدین خلق را «پرونده سیاه» دانست و آن ها را متهم کرد که 17 هزار تن از مردم بی گناه را «ترور» کرده اند. او با مقایسه سازمان مجاهدین خلق با گروه داعش گفت: « آنچه این روزها در رابطه با داعش میشنویم سال 59 و 60 منافقین در ایران پیاده کردند.»
او مدعی همکاری بین سازمان مجاهدین خلق و عربستان سعودی شد و گفت: « قراردادی بین منافقین و دولت جلاد عربستان شکل گرفته است که این قرارداد میلیاردی بوده و حاصل آن این است که منافقین جاسوسی کنند و پول بگیرند.»
خاتمی بر این اساس، اعدام اعضای سازمان مجاهدین در زندان ها در تابستان سال 67 را «خدمتی بزرگ» دانست و با اشاره به تصمیم آیت الله خمینی درباره این اعدام ها گفت: «آنچه امام راحل در سال 67 صورت داد کاری قرآنی، فقهی، انقلابی و خدمتی بزرگ به ملت مسلمان ایران بود.»
گفتنی ست در طی چندروز اخیر و با افشای فایل صوتی که احمد منتظری – فرزند آیت الله حسینعلی منتظری – اقدام به انتشار آن کرد، مخالفت آیت الله منتظری با اعدام های سال ۶۷ به گوش می رسد. در این فایل صوتی گفت و گوی آقای منتظری با هیئت منصوب آیت الله خمینی در جریان است که در آن آیت الله منتظری از آنان می خواهد از اعدام اعضای منتسب به سازمان مجاهدین خلق دست بردارند. در این فایل صدای آقایان نیّری و پورمحمدی شنیده می شود.
احمد خاتمی در ادامه دفاع خود از اعدام های سال 67 گفت: «اگر آن روز امام آن خدمت جانانه را به ملت ایران نکرده بود ما گرفتاریهای فراوانی داشتیم و امنیت امروز ما مدیون کار انقلابی امام است.»