صبح ٢٣ تیر ماه ١٣٧٨ شهرام چراغی زنجانی، دوست سعید زینالی، به خانه پدری او در پونک، واقع در شمال غرب تهران، رفت و سراغ سعید را گرفت تا با هم بیرون بروند. وقتی سعید خواست از خانه خارج شود مادرش به دلیل اضطراب از گرفتارشدن او در بحبوحه اعتراضات دانشجویی و درگیری با نیروهای مسلح و لباس شخصی، نگذاشت از خانه خارج شود.
سعید به مادر گفت که خیلی زود بازمیگردد و رفت. مادرش از شدت نگرانی به کوچه دوید. در همین حال یکی از همسایهها او را خبر کرد که افرادی ناشناس سعید زینالی و دوستش چراغیزنجانی را به زور سوار یک ماشین کرده و از آنجا بردند. همچنین او شماره پلاک ماشین را به مادر سعید داد. آن زمان سعید 22ساله بود.
یکی از دانشجویان بازداشت شده در وقایع تیر ماه ١٣٧٨، آقای احمد باطبی، هنگامی که در یک سلول انفرادی در زندان توحید نگهداری میشد، صدای ماموران زندان را میشنیده است که مرد جوانی به نام زینالی را برای بازجویی میبردند و به سلول انفرادی باز میگردادند. آقای باطبی نام کوچک او را نمیداند.
مدتی پس از بازداشت آقای زینالی، در ماه رمضان همان سال (١٧ آذر تا ١٦ دی ١٣٧٨)، زنگ خانه آنها به صدا درآمد و کسی گفت که برایشان نامه دارد. وقتی در را باز کردند، چهار مرد قوی هیکل مسلح و مجهز به بیسیم وارد خانه شدند. این اشخاص خود را معرفی نکردند و هیچ حکم بازرسی به آنها نشان ندادند. با وجود این ، آنها در خانه به بازرسی مشغول شدند، «تمام خانه را زیر و رو کردند و کتابها و دست نوشتهها و کامپیوتر سعید را با خود بردند» (نامه خانم زینالی). ماموران از آنها پرسیدند که پسرشان با چه کسانی معاشرت داشته است. ایشان در جواب به سئوال پدر وی که آنها کی هستند و از سوی کدام نهاد آمدهاند، تنها گفتند «اشتباه شده» و اینکه آنها تا یک ساعت اجازه خروج از خانهشان را ندارند.
یکروز عصر کسی به خانه خانواده زینالی تلفن کرد و اظهار داشت «من از ارگان زنگ میزنم.» او به مادر آقای زینالی گفت که فرزندش زنده و سلامت است. او از پاسخ گویی به سؤالهای خانم زینالی درباره جرم پسرش و محل نگه داشتن وی سر باز زد. پس از مدتی، سرهنگی از نیروی انتظامی به خانم زینالی گفت که سعید زینالی در تجمعی برای سخنرانی منوچهر محمدی در دانشگاه تهران شرکت کرده بود. او سعید زینالی را «آشوبگر» خواند. این شخص به خانم زینالی گفت که پسرش «دست بچههای عملیات» است.
در سال ١٣٨٦، معاون دادستان تهران به خانم زینالی گفت که سعید «وطن فروش» و «منافق» است، اطلاعات امنیتی را به سازمان مجاهدین خلق رسانده و در حفاظت اطلاعات سپاه پاسداران زندانی است. او به خانم زینالی گفت که سراغ پسرش را از حفاظت اطلاعات سپاه و بیت رهبری بگیرد. وی ادامه داد که سعید زینالی «تا کنون همکاری نکرده» است.
پس از 17سال سرنوشت وی همچنان در هاله ای نامعلوم به سر میبرد.