نگام ، سیاسی _ محمد خامنهای، مجمع تشخیص مصلحت نظام را به «دکانی سیاسی» تشبیه کرد که میلیاردها تومان از بودجه مملکت را خرج اعطینا می کند.
برادر رهبر جمهوری اسلامی تاکید کرد که این مجمع به «تصفیه» نیاز داد و آن را «عین مصلحت» دانست. او این مجمع را همچنین به «مجلس سنا» تشبیه کرد و اساسا وجود آن را بی فایده دانست. او کارکرد این مجمع را در وجود یک «شورای حل اختلاف» نیز قابل تحقق می دانست.
او درباره موضع آیت الله خمینی دراینباره گفت: « امام با افزودن مراجع و مجامعی كه بعدها برای خودش دكّانی سياسی شود و ميلياردها بودجه كشور را خرج اعطينا كند مخالف بود.»
رییس بنیاد حکمت اسلامی صدرا، همچنین خواستار آن شد که شورای نگهبان، کلمه «مصلحت» را تفسیر کند. «مجلس و حوزه علميه و فقها باید «مصلحت» را تعريف کرده و شورای نگهبان به تفصيل به تفسير كلمه مصلحت يا فساد در اصول قانون اساسی بپردازد.»
او تاکید که شورای نگهبان نیز در تشخيص مصلحت نظام «دستش بسته نيست.»
گفتنی ست محمد خامنه ای از جمله منتقدان برجسته و قدیمی اکبر هاشمی رفسنجانی به شمار می رود. هاشمی رفسنجانی اکنون ریاست مجمع تشخیص مصلحت را برعهده دارد.