نگام ، سیاسی _ آیت الله سید علی سیستانی از فقها ومراجع بزرگواری است که به موضوع وحدت بین مذاهب اسلامی، اهتمام ویژه ای دارد؛ به طوری که وی حتی در تدریس خارج فقه واصول نیز، روش «مقایسه تطبیقی میان فقه شیعه و فقه دیگر مذاهب اسلامی» را در اولویت کارهای تحقیقی خویش قرار داده است؛ زیرا به نظر وی، آگاهی از تفکرات فقهی اهل سنت در زمان صدور فتوا، همانند اطلاع از موطّأ مالک و فتاوی ابو یوسف و آرای دیگر فقهای آنها، اهداف ائمه (علیهم السلام) و دیدگاه های پیشوایان شیعه از صدور احکام را نمایان می سازد.
این مرجع تقلید تصریح کرده است : شیعیان باید پیش از اهل تسنن به دفاع از حقوق اجتماعی و سیاسی سنی ها بپردازند ، گفتمان ما بر دعوت به وحدت استوار است و بنده بارها گفته و باز هم می گویم که نگویید سنی ها برادرانمان هستند؛ بلکه آنها نفس و جان ما هستند. من به خطبه های نماز جمعه اهل سنت بیشتر از خطبه های شیعیان گوش می دهم.
آیت الله سیستانی با اشاره به این که هیچ تفاوتی میان پیروان ادیان و مذاهب مختلف و هم چنین اقوام گوناگون وجود ندارد، اظهار داشته : بنده در پژوهش های فقهی از فتوای اهل سنت یاد می کنم. ما در کعبه و نماز و روزه متحد، هستیم. زمانی که سنی ها در دوران دیکتاتوری به من می گفتند که شیعه شده اند، وقتی علت تشیع را از آنان می پرسیدم که تاکید می کردند ولایت اهل بیت (ع) را پذیرفته اند، من به آنهامی گفتم که علمای سنی از ولایت اهل بیت (ع) دفاع کرده اند.
آیت الله سیستانی همواره به مقلدان و پیروان خود سفارش نموده اند با اهل سنت بر اساس محبت و احترام برخورد کنند و اعلام کرده اند ریختن خون مسلمان، هتک حرمت، وارد کردن زیان مالی و.. . چه شیعه باشد و چه سنی، حرام است.
آیت الله سیستانی درباره وحدت و همزيستي مسالمت آميز ميان شيعيان و اهل سنت فرمود:
« من اطمينان دارم كه ريشه تفرقه افكني در خارج است. من [در زمان طلبگي] نزد شيخ احمد الراوي كه از علماي اهل سنت در سامرا بود درس خواندم و به ذهنم خطور نكرد كه ايشان پيرو مذهب ديگري بودند.
همچنين به برخي از پزشكان كه از اهل سنت بودند مراجعه مي كرديم و چون ما از طلاب علوم ديني بوديم از ما پول ويزيت نمي گرفتند و اصلا فكر نمي كردند كه ما شيعه هستيم يا سني…
بايد بر مشتركات تمركز كنيد و دليلي ندارد به مسائل اختلافي بپردازيد. مشاركت كردن در ايجاد تفرقه حتي به اندازه يك كلمه يا نصف كلمه هم جايز نيست. واجب است كه از ادبيات تشنج آفرين پرهيز شود.