شنیده ها حکایت از آن دارد که تلاش سازمان اطلاعات سپاه برای علنی شدن ارتباط تعدادی از نیروهای نفوذی در اپوزیسیون که با وزارت اطلاعات همکاری دارند، باعث شده تا وزیر اطلاعات این موضوع را به اطلاع بیت رهبر ایران برساند و تاکید کند که این رفتار سازمان اطلاعات سپاه ، خلاف منافع ملی است.
گویا علوی در این نامه تاکید کرده ما هم نسبت به تعداد زیادی از منابع اطلاعات سپاه در اپوزوسیون شناخت و اشراف داریم اما هرگز دست به اقدام خلاف اخلاق و خلاف امنیت ملی برای سوزاندن آن ها نزده ایم.
اختلاف میان وزارت اطلاعات و اطلاعات سپاه مدتی است به بالاترین حد خود رسیده است و بارها این دو دستگاه اطلاعاتی ، نسبت به خنثی سازی فعالیت های یکدیگر اقدام نموده اند.
فراری دادن مازیار ابراهیمی توسط اطلاعات سپاه نمونه ای از این گونه اقدامات متقابل این دو نهاد اطلاعاتی بر علیه یکدیگر می باشد ، کسی که وزارت اطلاعات او را به عنوان جاسوس اسرائیل و عامل قتل برخی از دانشمندان هسته ای ، مجبور به اعتراف تلویزیونی کرد اما او پس از گریختن از کشور با مساعدت اطلاعات سپاه ، بر ساختگی بودن و اجباری بودن آن اعتراف ها تاکید کرد.
شنیده های موثق هم چنین حکایت از آن دارد که وزارت اطلاعات نیز در همکاری با برخی از دستگاه های اطلاعاتی دیگر کشورها ، اقدامات تروریستی و خرابکارانه اطلاعات سپاه را افشا کرده و مانع از انجام آن ها با گزارش های خود به آن دستگاه های اطلاعاتی خارجی شده است.